Ajalooõpetuse korraldus Tartu ülikoolis kehtestati Academia Dorpatensise (1632) põhikirjaga. Kesksel kohal oli üldajaloo s.o maailma universaalajalugu (universalis mundi historia) õpetamine. Selle kõrval käsitleti ka nn partikulaarajalugu (historia particularis).
Tartu ülikooli esimene (üld)ajaloo professor Friedrich Menius pani aluse Liivimaa ajaloo uurimisele. 1689. aasta Tartu ülikooli põhikiri asetas ajalooõpetuses rõhu Rootsi ajaloole. Ajalooprofessor Carl Schulteni Tacituse annaalide käsitlusi võib lugeda tänapäevase ajalooseminari algeks.
Ajaloo osakonna alguseks võib lugeda 1803. aastat, mil taasavatud Tartu ülikoolis (Der Kaiserliche Universität zu Dorpat 1802) rajati üldise ajaloo, statistika ja geograafia ning Venemaa, eriti Eesti-, Liivi- ja Kura- ning Soomemaa ajaloo, statistika ja geograafia (s.o. regionaalajaloo) professuur. 1820. a. eraldati aga ajalugu ning statistika ja geograafia omaette professuuriks. Ajalooprofessuuri ülesandeks jäi peamiselt üldajaloo õpetamine, kuna regionaalajaloo kateeder praktiliselt likvideeriti. Alles 1853. a. taastati iseseisev Vene ajloo professuur. 1880.a. loodi üldajaloo paralleelprofessur, mille tulemusena keskaega ja uusaega hakkasid õpetama eraldi professorid. Arheoloogiat õpetas XIX sajandi esimesel poolel klassikalise filoloogia professor, etnograafiat aga geograafia ja statistika professor.
C. Schirren
Teadusmaailmas tunnustatumad olid üldajaloo professoritest medievist Richard Hausmann (1870-1897) ja uusaja professor Jevgeni Tarle (1913-1918), Vene ajaloo professoritest aga Johan Philipp Gustav Ewers (1810-1826), Carl Schirren (1856-1869), Alexander Brückner (1872-1891) ja Jevgeni Šmurlo (1891-1903). Baltimaade ajalooga tegelesid mingil määral üldajaloolased, esijoones R.Hausmann, kes Göttingeni medievisti G. Waitzi õpilasena Tartus jätkates pani aluse balti-saksa ajaloolaste nn Waitz-Hausmanni koolkonnale. Vene ajaloo professoritest tegeles Baltimaade ajalooga vaid C. Schirren, kes hakkas kuulsa L. von Ranke eeskujul ajalooõpetusse pidama ka ajalooseminari. Eesti ja naabermaade ajaloo laialdane uurimine ja õpetamine sai võimalikuks alles Eesti rahvusülikooli tekkides.
R. Hausmann
Praegune ajaloo ja arheoloogia instituut tugineb korralduslikult paljus nendele põhimõtetele ja suundadele, mis kujundati välja Eesti Vabariigi Tartu ülikoolis.1919. aastal tegevust alustanud TÜ Filosoofiateaduskonnas õpetati ajalugu kahe põhiainena- üldajaloo ja esmakordselt ülikooli õppekavasse võetud Eesti- ja Põhjamaade (hiljem Eesti ja naabermaade) ajaloona. 1925. aasta ülikooliseaduse järgi oli üldajaloo alal ettenähtud üks professor ja 2 dotsentuuri ning Eesti- ja Põhjamaade ajaloo alal üks professuur ja üks dotsentuur. Lisaks korralistele õppejõududele tegelesid õpetamisega õppeülesande täitjad ja eradotsendid.1938. aasta ülikooliseadus nägi ette üldajaloos 2 professuuri- üks kesk- ja teine uusaja ajaloo alal ja eesti ja naabermaade ajaloos samuti 2 professuuri- üks vanema ja teine uuema ajaloo alal. Enne 1940. aastat kõiki neid professuure täita ei jõutud.
Üldajaloo professuuri täitsid H. Oldekop ( prof. kt. 1919-1924), kohakaasluse alusel soomlane A.R. Cederberg (1924-1928) ja P.Tarvel (Treiberg). (prof. kt. 1930-1936 ja prof. 1936-1941).
A. R. Cederberg
H. Kruus
P. Tarvel
Eesti ja põhjamaade ajaloo professoriteks olid A.R. Cederberg (1919-1928) ja H.Kruus (1932. aastast prof. kt. ja 1934-1941 korraline professor).
Üliõpilane võis Filosoofiateaduskonnas, kus tollal puudus jaotumine osakondadeks või instituutideks, pühenduda mitmele ainele, mida võis valida ligi 20 eriaine hulgast, millede vahel ainesüsteemi rakendamise tõttu puudus rangem eraldusjoon. Kõiki neid aineid võis õppida alam-, kesk- ja ülemastme ulatuses. Kokku tuli valida neli ainet. Üliõpilane, kes tahtis lõpetada ajaloostuudiumi magistrikraadiga, pidi valima ülemastme ulatuses kas üldajaloo või Eesti ja Põhjamaade ajaloo. Ta võis peaaineks valida ka mõlemad. Tavaline lõpetaja võis need ained valida keskastme ulatuses. Põhiaine(te)le tuli valida lisaained - kas etnograafia, arheoloogia, kunstiajalugu, filosoofia, psühholoogia või mõni filoloogiline distsipliin.
Teistest ajaloo ainetest peale Eesti- ja Põhjamaade ajaloo hakati EV Tartu ülikoolis esmakordselt õpetama ka arheoloogiat, etnograafiat ja kunstiajalugu.
Arheoloogia alal avati 1920. aastast Eesti ja Põhjamaade arheoloogia professuur ja selle juurde moodustati Arheoloogia kabinet ja 1921. aastast ka Arheoloogia Muuseum.
A. M. Tallgren
H. Moora
Arheoloogia professoriteks olid soomlane A.M. Tallgren (1920- 1923), rootslane B. Nerman (1923 - 1925) ja H. Moora ( 1930. aastast prof. kt., 1938. aastast korraline muinasteaduse professor).
S. Karling
Kunstiajaloo õppetool alustas tööd 1921. aastal, esimeseks korraliseks professoriks oli rootslane T.H. Kjellin (1921-1924), kes rajas 1922. aastal ülikooli juurde ka kunstiajaloo kabineti. 1933-1940 oli korraliseks professoriks rootslane S. Karling ja 1942 -1944 A. Tuulse.
Etnograafias otsustati algul luua dotsentuur. 1924 - 1928 oli sellel ametikohal Eesti Rahva Muuseumi direktor soomlane I. Manninen. Tema lahkumise järel vakantseks jäänud dotsentuur muudeti 1938. aastal korraliseks professuuriks ja seda täitis 1939-1944 G. Ränk.
Arhiivindust hakati Filosoofiateaduskonnas õpetama 1930. aastast õppeülesande korras.
1932.aastal kinnitati Eesti Riigi Keskarhiivi juhataja O. Liivi (1936-1941 ka TÜ (era) dotsent) eestvedamisel arhiivinduse õppekava alamastme ulatuses. Korralist õppetooli arhiivinduse alal välja arendada veel ei jõutud.
Ajaloo uurimise organiseerimise ja selle tulemuste publitseerimise keskuseks ülikoolis sai Akadeemiline Ajaloo Selts (1920 -1940), mis andis välja 4 korda aastas ilmunud “Ajaloolist Ajakirja “ (1922 - 1940).
Arheoloogide, etnograafide ja kunstiajaloolaste jaoks oli olulisimaks Õpetatud Eesti Selts (1838 -1950) oma rohkete publikatsiooniseeriatega.
Esimesel nõukogude okupatsiooni aastal 1940-1941 alustati professorikesksete õppetoolide reorganiseerimist nõukogulikuks õppejõudude kollektiiviks - kateedriks, õppekavade revideerimist ja õppejõudude poliitilist selekteerimist ja represseerimist, mille katkestas sõda.
Saksa okupatsiooni aastail toimus õppetöö 1942-1944 põhilises osas Eesti Vabariigi aegse õppekorralduse raames,kuid “sõjaaegsete eriõppekavade” järgi. Õppejõudude kaader sai kannatada nüüd teisesuunalise repressioonipoliitika läbi.
1944. aasta sügisest taasalanud nõukogude okupatsioonireziim alustas 1944. hilissügisel avatud Tartu Riiklikus Ülikoolis 1940/41. õppeaasta struktuuri alusel.
Ajaloo- Keeleteaduskonna koosseisus moodustati nüüd omaette ajaloo osakond, millel olid eraldi konkursieksamite kaudu komplekteerunud üliõpilased (vastavalt riiklikult määratud üliõpilaskohtade arvel statsionaarses ja 1945. aasta aprillist avatud kaugõppe vormis) ja õppejõud, kes olid jaotatud kateedrite vahel. Õppetöö viidi vaba valikuga ainesüsteemilt üle üleliiduliselt unifitseeritud õppekavadega kursusesüsteemile (5 kursust ehk õppeaastat statsionaarses ja 6 kursust kaugõppes). Õppetöö peasuunaks sai aastakümneteks ajaloo- õpetajate koolitamine.
Ajaloo osakonnas töötas esimestel okupatsiooniaastail viis kateedrit:
NSV Liidu ajaloo kateeder (juhatajad: 1944-45 prof. P.Tarvel, 1945-50 dots. R. Kleis).
Üldajaloo kateeder (juhatajad: 1944-45 prof. P. Tarvel, 1945-50 dots. J. Madisson).
Eesti ajaloo kateeder (juhatajad: 1944-46 prof. H. Kruus, 1946-49 dots. A.Vassar).
Arheoloogia kateeder (juhataja: 1944-50 prof. H. Moora)
Kunstiajaloo kateeder (juhataja: 1944-50 prof. V.Vaga).
Seoses Eesti NSV Teaduste Akadeemia moodustamisega asutati 1946-1947 Tartus ka Ajaloo Instituut, mille töötajate tuumik komplekteeriti TRÜ ajaloo osakonna kateedrite õppejõudude ja lõpetajate arvel. Enamikul neist tuli algul töötada TRÜ-s kohakaasluse alusel. 1950. aastate EKP VIII pleenumi järgselt hoogustunud natsionalismi vastase võitluse käigus represseeriti nii üksikuid teadlasi kui ka asutusi tervikuna. Ajaloo Instituut viidi 1951-1952. Aastal natsionalismi pesaks kuulutatud Tartust Tallinna. Side AI ja TRÜ ajaloo osakonnas töötanud ajaloolaste vahel praktiliselt katkes.
Allutamaks õppejõude paremini partei- ja nõukogude organite järelvalvele ja tsentraliseeritud juhtimisele, koondati kateedreid.
J. Madisson
NSV Liidu ajaloo kateedriga liideti 1949. a. Eesti ajaloo kateeder ja 1950. aastal arheoloogia kateeder. 1950.a. likvideeriti kunstiajaloo kateeder, mille õppejõud arvati algul Lääne- Euroopa kirjanduse kateedri, 1955.a. NSV Liidu ajaloo kateedri koosseisu. Alates 1950- 1989 tegutses ajaloo osakonnas vaid 2 kateedrit: NSV Liidu ajaloo kateeder ja üldajaloo kateeder. Kauaaegsed õppejõud olid prof. Jaan Konks, prof. Herbert Ligi, prof. Sulev Vahtre, prof. Helmut Piirimäe, dots. Julius Madisson.
1990. aastate esimesel poolel toimunud ümberkorralduste tulemusena oli ajaloo osakonnas seitse õppetooli: arheoloogia, arhiivinduse, Eesti ajaloo, etnoloogia, kunstiajaloo, lähiajaloo ja üldajaloo.
2007. aastal toimunud struktuurireformi käigus moodustati ajaloo osakonna baasil ajaloo ja arheoloogia instituut. Etnoloogid ühinesid filosoofiateaduskonna kultuuriteaduste ja kunstide instituudiga, moodustades seal omaette osakonna. Alates 1. märtsist 2013. a. moodustati endiste õppetoolide baasil järgmised osakonnad: arheoloogia osakond, arhiivinduse osakond, Eesti ajaloo osakond, kunstiajaloo osakond, uusima aja osakond, üldajaloo osakond.
H. Ligi, S. Vahtre, H. Piirimäe