Ajaloo ja arheoloogia instituudis on kuus osakonda. Osakond ühendab ühise või lähedase õppe- ja teadustöö teemaderingiga tegelevaid õppejõude ja teadureid.
arheoloogia osakond
arhiivinduse osakond
Eesti ajaloo osakond
kunstiajaloo osakond
uusima aja osakond
üldajaloo osakond
